ترتبط بوكالة التخطيط والتحول الرقمي الإدارات التالية:
1- الإدارة العامة للاستراتيجية: وتتولى إعداد الخطط الاستراتيجية وذات الأجل القصير والطويل، والبرامج الرامية إلى تطوير الخدمات والأعمال الحالية والمستقبلية للوزارة، والتخطيط والموازنة بشأنها، ومتابعتها.
2- الإدارة العامة للتطوير المؤسسي: وتهدف الإدارة إلى إجراء الدراسات التنظيمية، وتيسير الإجراءات، وإعداد الأوصاف الوظيفية، وعمل ما من شأنه أن يؤدي إلى زيادة الكفاية في الأداء.
3- الإدارة العامة للجودة وقياس الأداء : وتقوم بضمان الجودة وكفاءة الأداء والإنتاجية في جميع برامج وأنشطة الوزارة .
4- الإدارة العامة لتقنية المعلومات : وتقوم بتطوير خدمات تقنية المعلومات بالوزارة وفق أفضل الممارسات والمعايير .
5- مركز الوثائق والمحفوظات : ويقوم بتنظيم أعمال حفظ الوثائق في الوزارة بما يحقق المحافظة على الوثائق والمحفوظات وصيانتها وتصنيفها وفهرستها بما يكفل سرعة الرجوع إلى ما تدعو الحاجة إليه .
6- وحدة التحول الرقمي: وتتولى إعادة تصميم نماذج الأعمال إلى نماذج توظف البيانات والتطبيقات والقدرات الرقمية بالشكل الأمثل، وابتكار وتطوير الخدمات والحلول الرقمية وتقديمها للمستفيدين من خدمات الوزارة بشكل أكثر بساطة وفعالية.
7- مكتب إدارة المشاريع: ويتولى توجيه مشاريع الوزارة وإدارتها وتقييمها وضبطها ومتابعتها، وتحسين أدائها ونتائجها، والإشراف على محفظة المشاريع وتوفير المعرفة والخبرة والدعم ورصد التقدم في إنجاز المشاريع وفق أفضل ممارسات إدارة المشاريع.
8- وحدة تجربة المستفيد: وتتولى ضمان جودة الخدمة المقدمة للمستفيدين، وتسهيل وصول الخدمات إليهم، وتوفير قنوات متنوعة للتواصل معهم، ورصد وتقييم انطباعهم والعمل على تحقيق رضا المستفيدين من خدمات الوزارة.
9- وحدة الإحصاء: وتتولى تقديم الخدمات الإحصائية، وجمع البيانات والمعلومات الإحصائية المتصلة بكافة نشاطات قطاعات الوزارة وتدوينها، وإعداد التقارير الإحصائية للوزارة.
10- وحدة إستمرارية الأعمال: وتتولى ضمان تطوير وتنفيذ سياسة وإطار استمرارية الأعمال ومراجعتها ونشر النسخ الأخيرة منها، وإعداد خطة المبادرات والأهداف السنوية لنظام استمرارية الأعمال، والتأكد من تنفيذ الإجراءات التصحيحية لمعالجة الحوادث وتطوير برامج التمارين السنوية للتأكد من أدوار الفريق المسؤول عنها، وتطوير ومراجعة استراتيجية استمرارية الأعمال وحلولها بالتعاون مع الإدارة العامة لتقنية المعلومات والإدارة العامة للموارد البشرية وإدارة الأمن والسلامة، وإجراء ورش تقييم المخاطر وورش أثر الإنقطاع.