تعنى التوجهات العامة للوزارة بأربعة مجالات، يشتمل كل مجال على عدد من المحاور ، وذلك طبقاً لما يلي :
أ - مجال نشر الإسلام والدعوة إليه، ورعاية شؤون المسلمين :
ويعنى بالمحاور التالية :
- تعريف العالم بالإسلام بمنطق العلم والعقل ؛ لإيضاح ما فيه من يسر وحل لمشكلات الإنسان.
- دعوة غير المسلمين للدخول في الإسلام.
- الاهتمام بالدعوة والإرشاد في الداخل والخارج.
- التصدي للشبهات التي تثار حول الإسلام.
- توجيه المسلمين للالتزام بحقيقة الإسلام ، ومعالجة ظاهرة الغلو والتشدد.
- نشر كتاب الله – عز وجل – وترجمة معانيه إلى مختلف اللغات، ونشر سنة رسوله - صلى الله عليه وسلم - وعلومهما، وتنمية مجالات البحوث الدينية.
- توسيع مجالات خدمة الجاليات والأقليات الإسلامية.
- الاهتمام بتوفير المعلومات والإحصاءات الدقيقة عن أحوال المسلمين المغتربين واتجاهاتهم.
ب - مجال إدارة أوقاف :
ويعنى بالمحاور التالية :
- كفاية إدارة أملاك الأوقاف، وتطوير مجالات عائداتها، وتنميتها.
- كسب ثقة أفراد المجتمع، واستنهاض همم الموسرين ليساهموا في مجالات الوقف.
- التوعية بصيغ جديدة للوقف تناسب متطلبات العصر .
- حسن إدارة المكتبات الوقفية .
- المحافظة على الأربطة ، ودعمها بما يمكنها من تأدية هدفها الاجتماعي .
ج - مجال شؤون المساجد :
ويعنى بالمحاور التالية :
- العناية برسالة المسجد ، وإعداده لأداء مهمته .
- إقامة المساجد الجديدة التي تدعو إليها الحاجة.
- تزويد المساجد باحتياجاتها من الأئمة والمؤذنين والخدم .
- الاستمرار في العناية بالمساجد والجوامع و المصليات والمراكز الإسامية، وتجهيزها، وصيانتها، والمحافظة على نظافتها بما يليق بمكانتها.
- ترسيخ أثر المسجد (بوصفه مركز إشعاع) في التوجيه ونشر الفضيلة والالتزام بشرائع الإسلام وآدابه .
د - مجال تطوير أساليب الإدارة :
ويعنى بالمحاور التالية :
- جعل خدمة المستفيد هي المحور الرئيس لخطط الوزارة ومناشطها الإدارية .
- تنمية القوى العاملة، وإعدادها، ورفع كفايتها، في قطاعات الوزارة كافة.
- الاهتمام بالتنظيم والتخطيط وبناء قواعد المعلومات لتحسين الأداء والأبحاث والدراسات، وتطوير العمل بمختلف قطاعات الوزارة.
- تطبيق الأساليب الحديثة للإدارة .
- تحسين مستوى الخدمات والمنتجات .
- خفض المصروفات .
- زيادة الإيرادات .